проверь у себя в конфиге параметр sv_pure, у меня он "0"

alpha funс GE128 - это альфа-тест, видны фрагменты текстуры там, где альфа >= 128 (или половинная яркость)
blendFunc GL_SRC_ALPHA GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA - это альфа-бленд, отличается от альфа-тестом более мягкими краями, но к сожалению не дружит с попикселкой.

sv_pure 0
Как и должно быть, у вас в автоексеке это добавлено, так что исключено изменение.

Может ли быть что драйвера амуде не поддерживают GE128?

нет, альфа-тест это одна из базовых фич OpenGL

Все , я понял что происходит.
Дело в том, что для упрощение работы с ресурсами игры, я последовательно распаковываю все дефолтные паки, и в распакованном виде с ними работаю и собственно играю. Но почему то в этом случае идет не подхват некоторых ресурсов, хотя ВСЕ распаковываю. Странно. Как только я обратно закинул дефолтные файлы игры в pak0.pk3 и закинул ваши архивы, все подхватилось и багующие элементы ушли.

С чем это может быть связанно? Можно ли реализовать функцию в движке работы без ошибок с распакованными данными?

В распакованном виде я проходил дум 3 опенсорс порт плюс свистоперделки с просторов интеренета, и квейк 4 аналогично. Там это работало без ошибок. Я к тому, что по идее движки поддерживают работу в распакованном виде с ресурсами. Т.е это не бред.

нет, альфа-тест это одна из базовых фич OpenGL

альфатеста в коре профиле нет. Вместо него дискард в шейдере

Вчера попробовал еще раз все пересобрать, и в итоге вроде бы и все ок, но открываешь злосчастный ку3дм1 и опять огонь сквозь объекты жарит, какая то вот проблема с огнем, не понимаю, че ему надо.

https://imgur.com/a/WTAJI4G

Пока вот так
Здесь мы видим что с персонажем в зеркале что то не так, заместо неба идут визуальные артефакты как при out of bound (ну когда за пределы карты вываливаемся такой эффект). НУ и огонь сквозь объекты торчит, пробовал по разному миксовать паки , файлы, без толку, как будто у движка ошибки с чтением путей к файлам.

При это консоль на ку3дм1 девственно чиста, ошибок нет, есть пару ворнингов на ку3дм0 разве что, звучат они так
WARNING: obsolete 'detail' keyword in shader 'textures/base_wall/chrome_metal'
WARNING: unknown token 'sin' for arithmetic expression in shader 'textures/sfx/portal_sfx'
WARNING: parsing error for waveform parm 'base' in shader 'textures/sfx/portal_sfx'

Не знаю что делать, у кого какие мысли?

аа, теперь понятно что за "огонь сквозь объекты жарит" )))))
Это не баг, а просто нет материала. Одно дело рендер-скрипты для классического рендера ку3, другое дело адаптированные рендер-скрипты (назвал по современному - материалы) для попиксельного рендера.
Кроме ретекстуры надо ещё создать материалы.
Загрузчик т.н. "шейдеров" пытается автоматом преобразовать, но не везде это ему удаётся, требуется помощь человека.

WARNING: obsolete 'detail' keyword in shader 'textures/base_wall/chrome_metal'
перевод: устаревшее слово 'detail' в шейдере ...
В ранней версии ку3 планировали сделать детальные-текстуры, даже придумали этот токен в систему шейдеров, но не доделали (как и скелетку md4). Если память не изменяет, загрузчик шейдеров ку3 не писал предупреждение при встрече в шейдере такого слова, но я решил вывести его в консоль. Ничего тут страшного нет, просто для сведения, что эта фича не поддерживается.

WARNING: unknown token 'sin' for arithmetic expression in shader 'textures/sfx/portal_sfx'
WARNING: parsing error for waveform parm 'base' in shader 'textures/sfx/portal_sfx'
Это тоже из раннего ку3, не поддерживается. Такие сообщения вроде бы выводит и ванильный ку3. Тоже ничего страшного.